Los izquierdistas de DC fieles a Dossetti dejan el Gobierno en 1949. En 1951 La Pira acepta, tras las fuertes presiones ejercidas por las autoridades religiosas, entre otras, ser el cabeza de lista por Democracia Cristiana en las elecciones administrativas del 10 y el 11 de junio. Es decisivo para su aceptación el proyecto de dar una respuesta concreta y global a las nuevas emergencias de la política, sobre todo después de la experiencia de gobierno que había seguido a la de la Asamblea Constituyente.
Tras la victoria de la coalición cuatripartita (DC, PLI, PRI y PSDI), La Pira, con más de 19.000 votos, es elegido por primera vez alcalde de Florencia en sustitución de Mario Fabiani, que había dirigido durante los cuatro años anteriores una Junta de izquierdas.
En 1952 La Pira tendrá que dimitir como parlamentario: para excluirlo del Parlamento se aprueba una ley ad hoc que establece la incompatibilidad entre el mandato parlamentario y la función de alcalde de una gran ciudad. El 15 de diciembre de 1952, el presidente de la Cámara Giovanni Gronchi escribe a La Pira para invitarlo a elegir entre los dos cargos. La respuesta de La Pira llega en un lapidario telegrama: «Ante la alternativa entre Montecitorio y Florencia que me plantea la Cámara ilegítimamente, elijo Florencia, perla del mundo».
Giorgio La Pira volverá a sentarse en la Cámara desde 1958 hasta 1960, y será elegido nuevamente diputado en 1976, un año antes de morir. Por lo demás, no desempeñará ningún cargo político a nivel nacional. Es más, su relación con los centros del poder en Roma y con los más altos cargos de DC será más bien difícil: han pasado a la posteridad sus polémicas con don Luigi Sturzo, «padre espiritual» de Democracia Cristiana.