La fama de este personaje singular, al que los florentinos llaman ya el «alcalde santo», pronto se expande incluso por el extranjero. No obstante, debido a su actividad, La Pira recibe también ataques de todo tipo. Lo acusan de hacerle el juego a los comunistas; el periódico florentino La Nazione lo ataca cotidianamente, lo llama «rojillo de sacristía»; otras acusaciones y pullas provienen de los ambientes católicos. Resulta muy significativa su «autodefensa» en una carta a Pío XII. En las elecciones municipales de 1956 La Pira, a pesar de las hostilidades por parte de los poderes fácticos, obtiene un gran apoyo popular (casi 34.000 votos). Pero la nueva ley electoral hace que la mayoría sea más inestable: La Pira es elegido alcalde pero un año después se ve obligado a ceder su cargo en el Ayuntamiento a un comisario temporal.
En las elecciones municipales de 1960 será de nuevo el más votado y dirigirá la Administración por tercera vez, de 1961 a 1965, apoyado por una coalición DC-PSDI-PSI. La creación de 17 nuevas escuelas, la rehabilitación del acueducto, la implantación del nuevo plan urbanístico y la valorización de la artesanía florentina y del Maggio Musicale son los puntos básicos de su programa. Al mismo tiempo sigue de cerca el periodo conciliar y las esperanzas de distensión internacional.
En las nuevas elecciones vuelve a obtener un gran éxito, pero el clima político se ha deteriorado: en sendos telegramas al secretario de DC, Mariano Rumor, y al primer ministro Aldo Moro, La Pira denuncia las tramas que se están urdiendo en las secretarías de los partidos y en los «salones» ciudadanos para poner fin a su singular experiencia como alcalde.